Фамилию Байдачник стоит разбирать с её окончания. Суффикс -ник указывает на род занятий: в русском языке так называли человека по его делу — охотник, рыбак, сапожник, плотник. Значит, Байдачник — это «тот, кто делает байдаки» или, что вероятнее, «тот, кто на них ходит». Байдак — слово с долгой и запутанной историей. В южнорусских говорах и в украинском языке байдак — это большая плоскодонная лодка, речное грузовое судно. На таких лодках по Днепру и его притокам сплавляли зерно, соль, лес. Байдачником могли назвать лодочника, перевозчика, а то и хозяина такого судна.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований. В некоторых говорах «байдак» — это бродяга, шатун, человек без постоянного пристанища. Тогда фамилия могла закрепиться за прозвищем беспокойного или одинокого человека. Однако первая версия выглядит убедительнее: профессиональные прозвища на -ник давали гораздо чаще, чем бытовые характеристики, и они легче превращались в фамилии.

Географически фамилия Байдачник тяготеет к югу России и Украине — к регионам, где было развито речное судоходство. В центральных и северных областях России она редка: там лодки называли иначе — струг, барка, дощаник. Сравните с однокоренными фамилиями: Байдаков, Байдаченко, Байдачный. В них тот же корень, но разные модели образования. Байдачник стоит особняком — он прямо указывает на ремесло, а не на отчество или принадлежность.

Социальный статус первых носителей фамилии, скорее всего, был невысоким: вольные лодочники, крестьяне, промышлявшие извозом по воде, или казаки, для которых речное дело было привычным. В ревизских сказках и переписях XIX века фамилия встречается, но не массово — её носили отдельные семьи в Екатеринославской, Херсонской, Полтавской губерниях. Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, но это не умаляет её ценности: Байдачник — живая память о речных дорогах, по которым шла торговля и жизнь южных земель.