Фамилия Байдук — редкий случай в русской ономастике, когда украинская и польская модели словообразования пересеклись в одной основе. Разберём её по косточкам: корень «бай-» и суффикс «-ук».

Корень восходит к тюркскому слову «бай» — богатый, господин, хозяин. В украинских степях и на пограничье Речи Посполитой это слово прижилось как часть прозвищ: «бай» могло означать зажиточного человека, старшину или просто хвастуна (ироничное «бай» — говорун, балагур). Суффикс «-ук» типичен для западноукраинских и польских фамилий: он указывал на принадлежность к роду или на характерный признак. То есть Байдук — «сын Бая» или «тот, кто из рода Бая». В польском языке суффикс «-uk» тоже встречается, но чаще в фамилиях, принесённых с восточных земель.

Географически фамилия плотнее всего сидит на западе Украины — в Тернопольской, Львовской, Ивано-Франковской областях, а также в юго-восточной Польше (историческая Галиция). В России Байдуки встречаются реже, обычно как след переселения или смешанных браков. Если предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или мещанами из тех краёв: фамилии на «-ук» редко давали дворянам, для шляхты типичнее окончания «-ский» или «-ович».

Есть и вторая, более спорная версия: от литовского «baidyti» — пугать, гнать. Тогда Байдук могло быть прозвищем сторожа или пастуха, который отгонял зверей. Но эта гипотеза слабее: ареал фамилии не совпадает с литовским влиянием, а тюркский «бай» в украинском языке куда естественнее.

Интересная деталь: в старой польской переписи встречается форма «Bajduk» с буквой «j» — это указывает на мягкое произношение корня, что характерно именно для польской фонетики. В русском языке фамилию чаще пишут и произносят твёрдо — Байдук. Такое расхождение в написании — верный признак того, что фамилия формировалась на языковой границе, где соседние народы переиначивали звучание на свой лад.