Фамилия Байдукова — женская форма фамилии Байдуков. Её основа, Байдук, скорее всего, является сокращённым, диалектным вариантом тюркского имени Байдавлет. Это имя составное: «бай» в тюркских языках означает «хозяин», «богатый», «могущественный человек», а «давлет» переводится как «достояние», «богатство». Следовательно, имя Байдавлет можно понять как «богатый владелец», а имя Байдук — как его краткую, обиходную форму.

Однако это не единственная версия. Слово «байдук» (или близкое к нему «байдак») в русских говорах имело и другие значения. Им могли назвать промысловое речное судно. В переносном смысле так говорили о человеке беззаботном, гулящем или даже повесе. Наконец, «байдаком» называли кусок чего-то ломкого — хлеба, сахара, дерева. Какое из этих значений легло в основу прозвища, сказать трудно: тюркское имя выглядит более вероятным источником, так как фамилия образована по модели «Байдук + ов», типичной для имён, а не для прозвищ, связанных с предметами.

Фамилия Байдуковых встречается в разных регионах, но окончательно определить, где именно и когда сложился род, можно только по результатам генеалогического поиска. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность (буквально «сын Байдука» или «из дома Байдука»).