Фамилия Байдюкова — женская форма фамилии Байдюков, и её происхождение неоднозначно, но во всех версиях прослеживается одна основа — прозвище Байдюк. Самая распространённая гипотеза связывает его со словом «байда» — так на юге России называли большое промысловое судно. В этом случае предок Байдюковых мог быть рыбаком или судостроителем, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий.

Однако у слова «байда» есть и другое, переносное значение — «беззаботный, гулящий человек». В украинских говорах так могли назвать повесу или легкомысленного человека. Третья версия выводит Байдюка из диалектной формы тюркского имени Байдавлет, где «бай» означает «богатый, господин», а «давлет» — «достояние, богатство». Такое имя было распространено у татар и башкир, и со временем оно могло превратиться в привычное русское прозвище.

Какая из версий ближе к истине — сказать трудно, но именно многозначность корня делает фамилию Байдюкова интересной для разбора. Суффикс -юк характерен для украинских и южнорусских фамилий: он уменьшительный или принадлежностный, то есть Байдюк — это «сын или человек Бая/Байды». В любом случае, фамилия указывает на южное или восточное происхождение рода, а её носительница хранит память о прозвище, которое могло описывать и профессию, и характер, и даже древнее имя предка.