Фамилия Байдюкова образована от прозвища Байдюк. Оно ведет свое начало от нарицательного «байда» - «промысловое судно». Вероятно, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть рыбаком или судостроителем. Согласно другой гипотезе, прозвище восходит к украинскому слову «байда», которое имеет значение «беззаботный, гулящий человек, повеса», «кусок ломкого или хрупкого (хлеба, сахара, дерева)». В таком случае прозвище Байдюк отражало особенности характера и поведение предка (либо легкомысленный, беспечный, либо податливый, нежный). Не исключено, что фамилия Байдюкова происходит от диалектного варианта мужского тюркского имени Байдавлет — Байдюк. Имя Байдавлет, как и многие другие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к тюркскому «бай», которое в переводе на русский язык означает «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Вторая часть имени происходит от тюркского «давлет» - «достояние». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Байдюк, со временем получил фамилию Байдюкова.