Фамилия Байдуков чаще всего восходит к диалектной, сокращённой форме тюркского имени Байдавлет — Байдук. Сложное имя Байдавлет склеивалось из двух значимых частей: «бай» (по-тюркски «хозяин», «богатый», «могущественный человек») и «давлет» («достояние», «богатство», «государство»). Родители, давая такое имя, желали сыну стать состоятельным, уважаемым и высокопоставленным человеком. Со временем полное имя в бытовом общении сократили до Байдук, а от этой формы с помощью типичного русского суффикса -ов образовалась фамилия Байдуков.

Есть и вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование. Она связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Байдук. В этом случае в основе лежит многозначное слово «байдак». В разных говорах так называли и промысловое судно, и беззаботного гуляку-повесу, и просто кусок чего-то ломкого (хлеба, сахара). Если прозвище дали по судну, предок мог быть рыбаком или судовладельцем. Если же прозвище отражало характер — то перед нами человек легкомысленный, беспечный, а может, наоборот, податливый и нежный.

Какая из версий правдоподобнее? Первая, антропонимическая, надёжнее: тюркские имена с корнем «бай» в русских фамилиях встречаются очень часто (Байков, Баймурзин), и закономерность «полное имя → сокращение → фамилия на -ов» хорошо прослеживается. Прозвищная версия тоже возможна, но она опирается на более редкое слово с размытым значением, что делает её менее убедительной для массового бытования фамилии.