Фамилия Байдуков образована от диалектного варианта мужского тюркского имени Байдавлет — Байдук. Имя Байдавлет, как и многие другие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к тюркскому «бай», которое в переводе на русский язык означает «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Вторая часть имени ведет свое начало от тюркского «давлет» - «достояние». Вполне вероятно, что родители, нарекая своего ребенка таким именем, желали ему стать высокопоставленным, обеспеченным, уважаемым человеком. Согласно другой гипотезе, фамилия Байдуков образована от прозвища Байдук, основой для которого послужило нарицательное «байдак» - «промысловое судно», «беззаботный, гулящий человек, повеса», «кусок ломкого или хрупкого (хлеба, сахара, дерева)». В таком случае можно предположить, что прозвище либо содержало указание на род занятий основателя фамилии (рыбак), либо отражало черты характера и поведение предка (легкомысленный, беспечный, либо податливый, нежный).