Фамилия Байдины происходит от прозвища Байда. В украинском языке слово «байда» имеет два основных значения: «беззаботный гуляка, повеса» и «ломкий кусок хлеба, сахара или дерева». Прозвище могло указывать либо на характер человека — легкомысленного и беспечного, либо на его физическую особенность, например хрупкое телосложение.

В исторических документах встречается запись: Байда, крестьянин, 1545 год, Новгород (по данным С. Б. Веселовского). Это одно из ранних упоминаний прозвища, от которого впоследствии образовалась фамилия.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Байдин, то есть сын или потомок Байды. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а или -я.

Точное место и время возникновения фамилии Байдин установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и разные ветви одного рода могли получить фамилию независимо друг от друга в разных регионах. Однако ясно, что фамилия Байдины — памятник живой народной речи, сохранивший в себе отголосок прозвища, данного предку за характер или внешность.