Фамилия Байдин образована от прозвища Байда, а тот, в свою очередь, восходит к украинскому слову «байда». У этого слова два значения: «беззаботный человек, гуляка, повеса» и «ломкий или хрупкий кусок хлеба, сахара, дерева и т.д.». Прозвище могло указывать как на характер человека, так и на его физические особенности или даже профессию — например, того, кто работал с хрупким материалом.

В исторических документах фамилия встречается рано. У С. Б. Веселовского записан Байда, крестьянин, 1545 год, Новгород. Это одна из ранних фиксаций прозвища, от которого позже пошли Байдины. Обратите внимание на суффикс -ин: в русской ономастике он указывает на принадлежность. Байдин буквально означает «сын Байды» или «человек из рода Байды». Модель с суффиксом -ин типична для фамилий, образованных от основ на -а, -я.

Географически фамилия не привязана к одной местности. Встречается и в центральных областях России, и на Урале, и в Сибири — туда её занесли переселенцы из Новгородских земель. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в южнорусских регионах, Байдин сохраняет северную модель образования.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: связь с тюркским словом «бай» — богатый, господин. Но тогда фамилия скорее имела бы форму Байев или Баев, а суффикс -дин в таком случае необъясним. Украинское происхождение прозвища выглядит убедительнее и подкреплено письменными источниками XVI века.