Фамилия Бойтоян — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или ремесло, а имя, причем не русское, а восточного происхождения. Она образована от мужского имени Бойто, которое в тюркских языках означает «богатый, сильный» или «господин». Суффикс -ян — типичный армянский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду: «из рода Бойто», «потомок Бойто». Таким образом, Бойтоян — это «сын Бойто».

Модель образования проста: тюркское имя + армянский суффикс. Такое сочетание не редкость в фамилиях народов Закавказья и юга России, где веками пересекались армянские и тюркские языки. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закреплялись в XVI–XVII веках, армянские фамилии на -ян массово оформлялись позже, в XIX — начале XX века, когда многие семьи получили официальные фамилии. Поэтому носители Бойтоян — это, скорее всего, потомки армян, живших в смешанной с тюрками среде, возможно, на территории исторической Армении или в Крыму.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: Бойтоян могло быть прозвищем от диалектного слова «бойто» — «драчун, задира» (от «бить»). Но тогда суффикс -ян необъясним, ведь для русского прозвища логичнее было бы окончание -ов или -ин. Поэтому связь с тюркским именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается в основном среди армянской диаспоры, а также в регионах с армянскими общинами: в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области. Из-за редкости фамилии её носители часто знают друг друга или связаны родством. В дореволюционных списках Бойтоян не фигурирует — это говорит о том, что фамилия могла быть записана уже в советское время, когда многие армяне получили паспорта.