Фамилия Ботоян — типичный пример армянской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -ян, который означает принадлежность к роду или происхождение. В армянской ономастике этот суффикс (восходящий к древнему -янц) заменял русское «-ов/-ев» или «-ин»: Ботоян — буквально «из рода Бото», «потомок Бото». Основа здесь — личное имя или прозвище Бот.

Корень «Бот» в армянской среде может иметь несколько значений. Самое прямое — армянское слово «бот» (բոտ), означающее «глухой» (о человеке с нарушением слуха). В этом случае прозвище Бот давали глухому человеку, а его дети и внуки стали Ботоянами. Однако есть и другая, не менее вероятная версия: «бот» как вариант имени Богдан или Федот, сокращённого по армянской традиции. В армянских диалектах имя Федот нередко звучало как «Бот» или «Пот», а суффикс «-о» в основе (Бот-о) характерен для ласкательных или обиходных форм. Таким образом, Ботоян мог означать «потомок Федота».

Географически фамилия Ботоян распространена в Армении, особенно в регионах, граничащих с исторической Западной Арменией (современная Турция), а также среди армянской диаспоры — в России, Грузии, США. Встречаются варианты написания: Ботоян, Ботян, реже — Батоян (где основа могла смешаться с именем Бато — «маленький»). В дореволюционных документах можно увидеть форму Ботоянц — более старую, с сохранившимся окончанием родительного падежа множественного числа.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: среди Ботоянов встречались и крестьяне, и ремесленники, и священники. Армянские фамилии на -ян не указывали на сословие, в отличие от русских дворянских на -ский. Поэтому без конкретных генеалогических записей сказать, кем были предки конкретного Ботояна, невозможно — разве что можно предположить, что родоначальник жил в сельской местности, где прозвища закреплялись за целыми семьями.