Фамилия Батоян — армянская, и её разбор стоит начать с формата. Окончание «-ян» (в старой записи «-янц») — один из главных армянских патронимических суффиксов, он указывает на принадлежность к роду. Если дословно, то Батоян означает «из рода Бато» или «потомок Бато». В армянской традиции такие фамилии закрепились в основном к XIX веку, хотя корни уходят глубже.

Основа фамилии — личное имя Бато. Здесь есть две версии происхождения, и обе заслуживают внимания. Первая ведёт к тюркскому слову «батта» — «утка». В древности у многих народов бытовали имена по названиям животных и птиц: считалось, что, называя ребёнка «Утка», родители символически вверяли его природе, чтобы она приняла младенца как своего и передала ему свои качества — в данном случае, возможно, ловкость или умение держаться на воде. Такие имена не были редкостью в тюрко-монгольской среде, а через неё попадали и к соседним народам.

Вторая версия связывает имя Бато с арабским «батт» (утиный) или с персидским «бат» (утка), что в целом ведёт к тому же образу. Но есть и более прозаичное объяснение: Бато могло быть сокращением от имени Батыр (Богатырь) — популярного у тюркских народов. В таком случае значение меняется с «утиного» на «героическое».

Спор между этими версиями не решён окончательно. Но для армянской ономастики характерно, что многие патронимы образованы от имён, пришедших из тюркской или арабо-персидской среды — в силу долгого соседства и культурного обмена. Фамилия Батоян — один из таких примеров, когда за армянским суффиксом стоит неармянское по корню имя.

Географически фамилия чаще встречается среди армян, исторически живших в Восточной Армении и Закавказье, а также в диаспоре — особенно в России, Грузии и странах Ближнего Востока. Сословных ограничений у неё не было: носителями могли быть и крестьяне, и ремесленники, и духовенство, поскольку имя Бато не было закреплено за какой-то одной социальной группой.