Фамилия Багоян — армянская по происхождению, что сразу видно по типичному окончанию -ян, которое в русской традиции закрепилось как указание на принадлежность к роду. В самой Армении этот суффикс означает «из семьи такого-то» или «потомок». Модель образования простая: основа Баго + патронимический суффикс -ян. Вопрос в том, откуда взялась основа.

Самое вероятное объяснение: Багоян — вариант фамилии Багдасарян или Багдасаров, где имя Багдасар (армянская форма библейского Валтасара) со временем сократилось в бытовой речи до Баго. Такое стяжение — не редкость: «Багдасар» в обиходе мог звучать как «Багас» или «Баго», а от этого прозвища и пошла фамилия. Вторая версия — от имени собственного Баг, которое восходит к древнеармянскому «баг» (бог, божество). В таком случае фамилия могла означать «божий человек» или служить указанием на служение при храме. Третья гипотеза — от названия села Баг или Баги в исторической Армении: тогда фамилия указывала бы на выходца из этого места.

С географией фамилии всё прозрачно: основная масса носителей Багоян — в Армении и в армянских диаспорах (Россия, Грузия, США, Франция). В России фамилия встречается в регионах с компактным проживанием армян — Краснодарский край, Ростовская область, Москва. По сословной принадлежности предки могли быть кем угодно: от крестьян до ремесленников или священнослужителей, если верна версия с «божественным» корнем. Но точных данных о социальном статусе носителей в открытых источниках нет.

Любопытная деталь: в русском языке фамилию часто путают с Багян (от «баг» — садовый участок) или пишут с одной «а» — Багоян. Написание с «а» после «г» — норма для армянских фамилий, где ударение обычно падает на последний слог. Встречается и вариант Багоянц, где суффикс -янц (также армянский) указывает на ту же родовую принадлежность.