Фамилия Бакоян — довольно редкая для России, но характерная для армянской ономастики. Её происхождение почти наверняка связано с армянским именем или прозвищем Бак (Бако). В армянском языке суффикс «-ян» (или «-янц») — это патронимический показатель, аналог русского «-ов/-ев» или «-ин». Он означает «принадлежащий к роду такого-то» или «сын такого-то». Таким образом, Бакоян — это «потомок Бако».

Сам корень «Бак» может иметь несколько значений. В первую очередь, это краткая форма от армянских имён, начинающихся на «Баг-» или «Бак-» (например, Баграт, Бакур), что восходит к древнеиранскому «бага» — «бог», «господин». В этом случае фамилия Бакоян означает «потомок божественного» или «потомок господина». Однако не исключено и более бытовое происхождение: слово «бак» в армянском языке может означать «пучок», «связка» или быть частью сложных названий. Скорее всего, прозвище Бако дали человеку по какой-то внешней или поведенческой черте, а уже от этого прозвища образовалась фамилия.

Географически фамилия Бакоян чаще всего встречается в Армении и в армянских диаспорах (Россия, Грузия, США, Франция). В России она не имеет исконно славянского происхождения и попала в результате миграций, особенно в XIX–XX веках. В отличие от русских фамилий, где суффикс «-ян» встречается редко и обычно указывает на армянские корни носителя, здесь он является главным маркером этнической принадлежности.

Самый известный носитель фамилии — армянский политический деятель Роберт Бакоян (род. 1937), бывший мэр Еревана. Однако в целом фамилия не является распространённой или «богатой» на известных персоналий. С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Бакоян проще, чем кажется: это типичный армянский патроним, который не претерпел изменений при русификации (в отличие от фамилий, оканчивающихся на «-ов»). В документах она сохраняет свою оригинальную форму.