Фамилия Бождоганов — редкий пример того, как тюркское личное имя стало основой для русской фамилии с помощью простого патронимического суффикса -ов. В основе лежит мужское имя Бождоган (в тюркском произношении чаще Боздоган). Дословно оно переводится как «железная палка» или «булава». Булава в тюркской и славянской культуре — не просто оружие, а знак власти и воинской доблести. В Средние века булава была распространена и на мусульманском Востоке, и в Русском государстве XIII–XVII веков. У казаков её разновидность — насека — сохранялась как атрибут атаманской власти вплоть до начала XX века.

Имя Бождоган, скорее всего, давали мальчикам с пожеланием вырасти крепкими, мужественными, стать защитниками. Однако не исключено, что фамилия могла пойти и от прозвища Бождоган, которое закрепилось за воином, искусно владевшим булавой, или за человеком с суровым, непреклонным характером. Словообразовательная модель проста: к основе Бождоган прибавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бождогана). Это типичная для восточнославянских фамилий форма, которая закрепилась в XV–XVII веках, когда тюркские имена активно входили в русский обиход через контакты с кочевыми народами.

Фамилия очень редкая. Её география, вероятно, связана с южными регионами России или Поволжьем — зонами активного смешения славянского и тюркского населения. В официальных списках и исторических документах носители практически не встречаются, что делает каждую ветвь рода уникальной. При разборе важно не путать её с похожими фамилиями вроде Богданов — они имеют совершенно разную этимологию: Богданов происходит от славянского имени Богодан («Богом данный»), а Бождоганов — от тюркского «булава».