Фамилия Братишкина образована от прозвища Братишка. В основе лежит слово «брат», но прозвище не обязательно указывало на кровное родство. На Руси «братишкой» часто называли не родственника, а товарища, приятеля или даже просто обращались так к младшему по возрасту или положению. В казачьей и купеческой среде «братишка» могло быть уважительным, но неформальным обращением к равному.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Братишкин — значит «сын Братишки». Это типичная модель русских фамилий от прозвищ на -а/-я (как Гаврилкин, Фомин). Интересно, что полная форма — Братишкина — сохраняет женский вариант, что характерно для фамилий, закрепившихся в документах через женскую линию (например, вдова Братишкина). Встречаются и однокоренные фамилии: Братищев, Братиков, Братов — но Братишкина стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательного суффикса «-ишк-», который придаёт прозвищу оттенок снисходительной ласки или, наоборот, иронии.

Географически фамилия редкая и не имеет выраженного «гнезда». По данным переписей, единичные носители встречаются в центральных областях России и на Урале, но массового распространения нет. Это говорит о том, что прозвище было локальным, семейным, а не общерусским.

Сословная принадлежность предков Братишкиных не очевидна. Фамилии на «-ин» от прозвищ с уменьшительными суффиксами чаще встречались среди крестьян и мещан, реже — среди духовенства или дворян. В данном случае скорее всего речь о крестьянской или посадской среде, где прозвище могло закрепиться за одним родом без перехода в другие сословия.

В написании «Братишкина» стоит обратить внимание на букву «и» в корне после «р»: это исконное, а не заимствованное чередование. Фамилия не связана с «братчиной» (складчиной) или «братиной» (сосудом для питья), хотя внешне похожа. Её корень — чисто прозвищный, бытовой.