Фамилия Брущенко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был характерен для Поднепровья и означал «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит прозвище Брущенко, которое, скорее всего, связано с украинским словом «брущатка» — так называли брусчатку, каменные бруски для мощения дорог. Предок, получивший это прозвище, мог быть мастером по мощению улиц или добытчиком камня.

Однако есть и другая версия, менее очевидная, но не менее правдоподобная. В украинских говорах «брус» или «бруща» могло означать не только камень, но и деревянный брус — строительный материал. Тогда прозвище могло достаться плотнику, который работал с брусом, или человеку, жившему возле брусчатого моста. Это более редкая трактовка, но она объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения в ремесленных записях: профессия каменщика-мостовщика в тех краях была менее массовой, чем плотницкое дело.

Географически фамилия Брущенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине, откуда в XIX веке вместе с крестьянскими переселениями попала на Кубань и в южные губернии России. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается — её носители, судя по всему, были людьми простого сословия, ремесленниками или казаками. Сравните с однокоренными фамилиями Брус, Брусов, Брусилов — у них явно плотницкие корни, тогда как Брущенко стоит особняком, указывая на более конкретную и редкую профессию мостовщика.