Фамилия Брусинин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не связано ни с ремеслом, ни с внешностью, а уходит корнями в диалектную географию. В её центре — слово «брус», но не в значении «бревно» или «брусок», а в переносном, местном смысле. В северных и сибирских говорах «брусом» называли упрямого, строптивого человека — того, кто стоит на своём, как негнущийся брус. Реже «брусиной» могли назвать высокого и худого человека, сравнивая его с жердью. Таким образом, Брусинин — потомок человека с крутым нравом или, возможно, долговязого парня.

Морфологически фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Брусин-» (или «Брусин(а)») прибавлен патронимический суффикс «-ин», указывающий на принадлежность. То есть Брусинин — это «сын Брусины», где Брусина — прозвище или неканоническое имя. Суффикс «-ин» характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ на -а/-я. Здесь он закрепился, вероятно, от формы «Брусиня» или «Брусина», что не редкость для прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральной России, фамилии на -ин более типичны для северных и северо-восточных регионов, а также для Поволжья. Брусинин могла сложиться в Архангельской, Вологодской или Вятской губерниях, где диалектное слово «брус» в значении «упрямец» было в ходу. Фамилия редкая, в дореволюционных переписях почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, о крестьянском происхождении: в среде духовенства или дворянства такие прозвищные основы встречались реже.

Стоит упомянуть и другую, менее вероятную версию: от слова «брусина» — так в некоторых говорах называли сорт яблок или грушу-дичку. Но связь с человеческим характером надёжнее, потому что прозвища по свойствам плодов — большая редкость, а по чертам характера — обычное дело. Если искать однокоренные фамилии, то это Брусин, Брусилов, Брусов — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Брусинин стоит особняком благодаря суффиксу «-ин», который делает фамилию более архаичной и привязанной к конкретному прозвищу, а не к профессии или месту.