Фамилия Брусницын образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы «Брусниц-» с помощью патронимического суффикса «-ын». Суффикс «-ын» указывает на принадлежность («чей?»), то есть первоначально Брусницын — это «сын Брусницы» или «человек из рода Брусницы». Основа фамилии — прозвище Брусница. В русских говорах «брусница» — то же, что брусника: низкорослый дикорастущий вечнозелёный кустарник с жёсткими листочками и красными съедобными ягодами.

Имя или прозвище Брусница могло появиться по двум разным причинам. Первая — народная традиция называть ребёнка по названию растения, ягоды. Считалось, что природа воспримет такого младенца как «своего», и к нему перейдут полезные свойства растения. Брусника ценилась издавна: её ягоды и листья обладают целебными свойствами, из них делали отвары и настойки. Вторая, более конкретная версия — прозвище Брусница могли дать знахарю или народному лекарю, который лечил людей именно брусничными сборами. Такое прозвище закреплялось за человеком по роду его занятий, а затем перешло в фамилию его детям.

В этимологическом плане фамилия Брусницын стоит в одном ряду с более частыми Клюквин, Малинин, Ежевикин — все они построены от названий ягод. Однако суффикс «-ын» (а не «-ов/-ев») встречается реже, что делает фамилию заметной на фоне однокоренных. Географически фамилия тяготеет к северным и северо-западным регионам России — там, где брусника растёт в изобилии, а суффикс «-ын» в патронимах встречается чаще, чем в южных говорах.