Фамилия Бубкина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который присоединяется к основам на -а/-я. В данном случае основа — мужское прозвище или нецерковное имя Бубка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бубкина буквально означает «дочь (или жена) Бубки», а фамилия в мужском варианте (Бубкин) — «сын Бубки». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где притяжательные прилагательные на -ин активно переходили в фамилии.

Корень «буб-» в русских говорах многозначен. Чаще всего он связан с музыкальным инструментом бубен. Прозвище Бубка могли дать человеку шумному, говорливому, любителю побряцать словами или же тому, кто играл на бубне, изготавливал бубны. В диалектах встречается и слово «бубка» в значении «шишка, нарост» — такое прозвище могло относиться к человеку с заметной физической особенностью. Ещё одна версия отсылает к глаголу «бубнить» — говорить невнятно, монотонно. В этом случае прозвище носило бытовой, ироничный характер.

В ономастических справочниках фамилия Бубкин и её женская форма Бубкина фиксируются как относительно редкие. По данным переписей и телефонных справочников, наибольшая концентрация носителей наблюдается в Поволжье, в частности в Самарской и Ульяновской областях, а также на Урале. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде крестьян или посадских людей, где прозвища по внешности или поведению были обычным делом.

Стоит заметить, что фамилия не имеет отношения к украинской фамилии Бубка (известной по легкоатлету Сергею Бубке). Русская Бубкина образована от уменьшительной формы «Бубка», а не от «бубка» как самостоятельного слова. Встречается также вариант написания с одной «б» — Букина, но это отдельная фамилия от корня «бук» (дерево).