Фамилия Бубкин — типичная «патронимическая» фамилия, образованная от личного прозвища Бубка с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «Бубкин сын»). Основа фамилии — прозвище Бубка — имеет несколько возможных толкований, и ни одно из них не выглядит надуманным.

Самая живая версия отсылает к украинскому слову «бубка» — «ягода». Если предок был сборщиком или продавцом лесных ягод, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий. Такие «растительные» прозвища в славянской среде не редкость, и они часто становились основой фамилий. Менее очевидная, но тоже возможная связь — с украинским глаголом «бубоніти» (бормотать, говорить невнятно) или с диалектным «бубка» в значении «глашатай». Тогда прозвище мог получить словоохотливый или, наоборот, наделённый громким голосом человек.

Третья гипотеза — охранительная. Слово «буба» в некоторых говорах означало «шишка», «опухоль», «болячка». В народе верили: назови ребёнка неблагозвучным именем — злые силы не позарятся на него и не нашлют хворь. Так прозвище Бубка, по сути, служило оберегом, пожеланием здоровья. Со временем оно закрепилось за человеком уже как обиходное имя, а затем перешло в фамилию.

В русских фамилиях на -ин обычно указывают на принадлежность к роду — в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще связаны с мирскими именами на твёрдый согласный или с прозвищами на -о. Модель Бубкин — типичная для северных и центральных регионов России, где суффикс -ин был особенно распространён.

Окончательно утверждать, когда и где именно возникла фамилия Бубкин, без генеалогического исследования сложно: прозвищные фамилии могли независимо появляться в разных местностях. Но ясно одно: её основа — живое народное слово, а не книжное или церковное, что делает фамилию Бубкин характерным памятником именно разговорной, бытовой славянской культуры.