Фамилия Бубоян не входит в число распространённых русских фамилий, и её происхождение напрямую связано с армянской ономастической традицией. Об этом говорит характерный суффикс -ян, который в армянском языке указывает на принадлежность к роду или происхождение (буквально «из рода такого-то»). В русской среде такие фамилии часто получали окончание -ов/-ев или -ин, но форма Бубоян сохранила исходное армянское оформление, что типично для фамилий, зафиксированных в документах уже в XIX — начале XX века, когда шла массовая миграция армян в Российскую империю.

Основа фамилии — «Бубо» — скорее всего, восходит к армянскому личному имени или прозвищу. В армянском языке слово «буб» (բուբ) может означать «сову» или филина, а также использоваться как ласковое обращение к ребёнку. В таком случае прозвище Бубо мог получить человек с круглыми глазами, ночным образом жизни или просто тот, кого в детстве так называли родители. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным армянским «буб» — «пузырь» или «надутый», что могло указывать на полноту или характер человека.

С точки зрения словообразовательной модели, Бубоян — типичная патронимическая фамилия: к личному имени или прозвищу Бубо прибавили суффикс -ян, и получилось «сын Бубо» или «потомок Бубо». В армянской среде такие фамилии нередко образовывались от уменьшительных форм имён, поэтому Бубо могло быть сокращением от более длинного имени, например, Бубакан или Бубат.

Географически фамилия Бубоян тяготеет к регионам исторической Армении и Закавказья, а в России встречается там, где есть армянские диаспоры: в Краснодарском крае, Ростовской области, Москве и Санкт-Петербурге. В отличие от фамилий на -ов, которые могли бы указывать на конкретное ремесло или место, Бубоян прямо говорит о родстве: предок носителя — человек по имени или прозвищу Бубо. Кем он был — крестьянином, ремесленником или торговцем — по одной фамилии не определить, но само её существование — следствие армянской традиции фиксировать родовую принадлежность, а не социальный статус.