Фамилия Будильникова — женская форма фамилии Будильников, которая принадлежит к распространённому типу «профессиональных» фамилий. Её основа — слово «будильник», только в старом, ныне забытом значении. В современном языке будильник — это часы с сигналом, но в XVI–XVII веках так называли не механизм, а человека. Будильником на Руси именовали слугу или монастырского послушника, в обязанности которого входило будить обитателей дома или братию к заутрене. В дворянских и купеческих домах это была отдельная должность: будильник ходил по комнатам со свечой или колокольчиком и поднимал хозяев к делам. В монастырях эта обязанность часто ложилась на самых молодых или новых иноков.

Фамилия образована по стандартной модели: основа «будильник» плюс патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Будильника» или «из семьи Будильника». Суффикс -ов типичен для центральных и северных регионов России. Если бы фамилия возникла на юге или в Белоруссии, она могла бы звучать как Будильниченко или Будильник.

Слово «будильник» в свою очередь происходит от глагола «будить». Это древний корень, родственный литовскому būdinti и латышскому budināt. Таким образом, фамилия Будильников (и Будильникова) — одна из тех, что прямо указывает на занятие предка, причём занятие не самое престижное, но необходимое в быту до эпохи электричества и заводных часов.

Встречаются и альтернативные гипотезы. Иногда фамилию связывают с прозвищем Будило — так могли назвать беспокойного, крикливого человека, любителя поднимать шум. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -ник в основе фамилии однозначно указывает на деятеля по профессии или должности, а не на качество характера. Прозвище дали бы скорее Буда или Будила, а не Будильник.

Фамилия не относится к редким. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что связано с миграцией служилых и монастырских людей в XVI–XVIII веках. В современной России фамилию Будильникова носят несколько тысяч человек — в основном в Самарской, Свердловской областях и в Пермском крае.