Фамилия Будыльникова — женская форма от Будыльников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или профессии предка. В основе лежит слово «будыль» (или «будылёк»). В русских говорах так называют сухой стебель травы, бурьян, пустотелый стебель, а в некоторых регионах — и само растение с толстым стеблем, например, дягиль или борщевик. Отсюда и первое, самое прямое значение: прозвище Будыльник могли дать человеку высокому, худощавому, «стеблистому» — как будыль.

Однако есть и другая, не менее вероятная версия, связанная с ремеслом. В старину «будыльником» называли того, кто занимался изготовлением или продажей будылей — трубок для курения, которые делали из полых стеблей растений. Такое занятие было распространено в крестьянской среде, где самосад курили через самодельные трубки. В этом случае фамилия указывает на род занятий: предок мог быть мастером-трубочником или торговцем.

Суффикс -ов- в мужской форме Будыльников — типичный патронимический или вотчинный показатель, указывающий на принадлежность: «сын Будыльника» или «из семьи Будыльников». Фамилия довольно редкая, географически тяготеет к центральным и южным областям России, где слово «будыль» было в ходу. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) корень «будыл-» встречается в ряду прозвищных фамилий, образованных от ботанических названий, но Будыльников выделяется среди них именно возможной ремесленной подоплёкой. Спор между «стеблем» и «трубкой» не имеет однозначного разрешения, но обе версии правдоподобны и не противоречат друг другу: прозвище могло закрепиться и за внешностью, и за занятием, а с течением времени значение стёрлось.