Фамилия Буфатина — женская форма, а мужская, Буфатин, образована с помощью типичного русского суффинкса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Буфатин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Буфата. Основа здесь нестандартная, и именно она вызывает вопросы.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Буфата, связанное с диалектным словом «буфать» или «буфтить» — в некоторых говорах (особенно южнорусских и украинских) так говорят о человеке, который говорит невнятно, бормочет, «бубнит» себе под нос. В таком случае Буфата — это бормотун, неразговорчивый или ворчливый человек. Суффикс -ата в прозвище — редкий, но встречающийся в русской антропонимии (сравните: Горбата, Косолапа), он придаёт экспрессивный оттенок и часто использовался для характеристики внешности или поведения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «буф» (пар, дыхание) или с заимствованным словом «буф» (вид женской причёски или пышной складки на одежде, от французского bouffer). Однако для фамилии, закрепившейся в крестьянской или мещанской среде, такое объяснение маловероятно — прозвища от ремесла или одежды обычно давали по более конкретным признакам (например, «Шапка» или «Сапожник»), а не по деталям моды.

Таким образом, предок носителей фамилии Буфатин — скорее всего, человек с негромким, ворчливым голосом или привычкой говорить невнятно. Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает её диалектное происхождение. В дореволюционных документах она могла записываться как Буфатинъ, с твёрдым знаком на конце.