Фамилия Буфенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. В ономастике этот суффикс считается патронимическим, то есть указывающим на происхождение от отца: «сын Буфы» или «маленький Буфа». Такая модель была особенно распространена на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, где фамилии на -енко составляют до 60% всех родовых имён.

Сложность в том, что основа «Буф-» в славянских языках встречается редко и не имеет очевидного корня. Самая правдоподобная версия связывает её с прозвищем Буфа, которое могло произойти от диалектного глагола «буфеть» или «буфнуть» — то есть надуться, насупиться, вспылить. В этом случае прозвище дали человеку с заметной обидчивостью или взрывным характером. Менее вероятно, но не исключено заимствование через польское или немецкое посредничество: например, от польского «bufa» (напыщенность, чванство) или немецкого «Buff» (удар, толчок) — такие прозвища могли дать грубоватому или задиристому человеку.

Если отбросить экзотические гипотезы, то прозвище Буфа могло быть и шутливым. В русских говорах «буфой» называли толстяка или человека с пышными усами и бакенбардами — от слова «буфы» (пышные складки на одежде). Так что родоначальник Буфенко мог быть просто полным или носившим пышную причёску человеком, чья внешность запомнилась окружающим.

Исторически фамилия Буфенко не принадлежала к дворянским родам. Как и большинство фамилий на -енко, она формировалась в среде казачества и крестьянства. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII—XIX веков такие фамилии фиксировались как отчества, а затем закреплялись за целыми семьями. Сегодня Буфенко — редкая фамилия, встречающаяся в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в России и Казахстане.