Фамилия Бугагага — случай уникальный даже для русской ономастики. В ней нет ни одного типичного для русских фамилий суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский). Окончание -а характерно скорее для украинских фамилий (Бугай, Бугаенко), но здесь основа состоит из повторяющегося слога «га», что наводит на мысль о совершенно другом происхождении.

Скорее всего, перед нами не исконная фамилия, а позднее искусственное образование или прозвище, закрепившееся в документах. В русском языке слово «бугага» — междометие, передающее громкий, раскатистый смех (сродни «ха-ха»). Прозвище Бугага мог получить человек с очень заразительным или необычным смехом — бас, гогот, хохот. Второй слог «гага» в народной речи иногда связывали с глаголом «гагакать» (гоготать, кричать по-гусиному). Таким образом, прозвище могло относиться к голосистому или шумному человеку.

Форма на -а (Бугагага) типична для украинской или южнорусской традиции прозвищного именования. В реестрах казаков или крестьян юга России и Украины нередко встречались прозвища, построенные на звукоподражании: Гага, Гоголь, Хахаль. Бугагага — их гипертрофированная, усиленная версия.

Версия о происхождении от тюркского корня «буга» (бык) или от фамилии Бугаев маловероятна: удвоение «га» и финальное «гага» не объясняются тюркскими словообразовательными моделями. Скорее всего, фамилия возникла в устной среде, возможно, как шутливое уличное прозвище, которое позже попало в официальные записи.

В современных базах данных фамилия встречается единично, в основном на юге России и в Украине. Это редчайший случай, когда фамилия — буквально записанный звук. Носитель такой фамилии, вероятно, происходит из среды, где прозвища давали «по голосу» или по характерной манере смеяться.