Фамилия Бугагапогов — редкий случай в русской ономастике, где прозвищная основа почти наверняка звукоподражательная. В отличие от большинства фамилий, образованных от имён, профессий или внешних черт, здесь корень восходит к междометию «бугага» — имитации грубого, раскатистого хохота. В народной речи XIX века так могли дразнить человека за громкий, заразительный или неуместный смех, а в некоторых говорах — за привычку хохотать до слёз, «бугагакать».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бугагапогов — буквально «сын Бугагапога». Сама основа «Бугагапог» — это, скорее всего, шутливое или уничижительное прозвище, где к корню «бугага» добавили «пог» по аналогии с «носорог» или «бог» (в смысле «тот, кто издает бугага»). Версия, что это искажённое «бугай» (бык) или «бугай-пог» (птица-выпь), маловероятна: фонетика слишком специфична для случайного сдвига.

Географически фамилия почти не встречается в исторических переписях и современных базах — это не массовое явление, а единичный антропоним, возможно, возникший в крестьянской или мещанской среде как дворовое прозвище. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова аналогов нет, что подтверждает её исключительную редкость. Если предки и носили такую фамилию, то, скорее всего, в одной из центральных или южнорусских губерний, где смеховая культура была особенно яркой и давала прозвища вроде «Хохотун» или «Смешной».

По сословной принадлежности — почти наверняка не дворянская и не духовная (там предпочитали книжные или топонимические основы). Скорее всего, фамилию закрепили за крестьянином или ремесленником после отмены крепостного права, когда прозвища фиксировали в документах без цензуры. Написание с двумя «г» и окончанием -ов — стандарт для русских фамилий, хотя в быту могло писаться и через одно «г» (Бугагапов).