Фамилия Бугдаева — женская форма, мужская — Бугдаев. Её основа — тюркское слово «бугдай», что значит «пшеница». В ономастике это прозвищное имя, которое давали человеку либо по цвету волос (спелый пшеничный колос — светлый, золотистый), либо по роду занятий: крестьянину, торговавшему зерном, или хлеборобу. В тюркских языках слово «бугдай» (или «будай») распространено от Поволжья до Средней Азии, поэтому географический разброс фамилии широк — татары, башкиры, казахи, кумыки и другие народы.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от тюркской основы: «Бугдай» → «Бугдаев» — «сын Бугдая». Это не редкий случай, когда прозвище или имя стало фамилией через притяжательный суффикс. Встречаются однокоренные варианты: Бугдаев, Бугдай, Бугдайкин — все они восходят к тому же корню, но различаются по способу оформления (например, -кин говорит об уменьшительной форме «Бугдайка»).

Сложность в том, что «бугдай» могло быть не только прозвищем, но и личным именем у тюрок, особенно в доисламский период, когда имена давали по явлениям природы или предметам быта. В этом случае фамилия Бугдаева — прямое указание на предка по имени Бугдай, а не на его профессию. Такая двойственность типична для многих фамилий тюркского происхождения.

В русских архивных записях фамилия встречается с XVIII века, преимущественно в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях — регионах, где смешивались русские и тюркские фамильные традиции. Сословно носители чаще всего были государственными крестьянами или казаками, реже — купцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если искать параллели, то фамилия Бугдаева стоит в одном ряду с Арпаевым (от «арпа» — ячмень), Кунаевым (от «кун» — день) или Токаевым (от «ток» — сытый). Все они строятся по одной модели: тюркское слово + русский суффикс, и все несут в себе бытовой, земледельческий или природный смысл.