Фамилия Бухора, вероятно, ведет свое начало от мужского имени Бухор, которое восходит к названию древнего узбекского города Бухара. В прежние времена татарские муллы, учившиеся в бухарских медресе, часто назвали своих сыновей именами Бухар, Бухор, Бухарай и т.п. Само же название города Бухара восходит к древнесанскритскому слову «вихара», что значит «монастырь, храм Будды». Именование Бухора, вероятно, изначально понималось как «сын Бухора». Образование фамилий с помощью формы родительного падежа характерно для украинского языка. Поэтому фамилия Бухора, возможно, возникла под украинским влиянием. По другой версии, фамилия Бухора ведет свое начало от аналогичного прозвища, в основе которого лежит диалектное русское слово «бухара». Бухарой называется покосный участок в лесу, следовательно, владелец такого участка мог получить прозвище Бухара, которое под влияние «окающих» говоров изменилось на Бухора. Кроме того, в севернорусских говорах бухарой называли пчелу, шмеля. Поэтому прозвище Бухора могло закрепиться за трудолюбивым человеком или острословом (способным «ужалить» при помощи слова). Таким образом, потомок человека, которого звали Бухор, со временем получил фамилию Бухора.