Фамилия Бухора — редкая и неоднозначная по происхождению. В ней, как в фокусе, сошлись несколько разных языковых и культурных традиций. Самая прямая версия ведет к тюркскому имени Бухор (или Бухар). В прошлом татарские муллы, получившие образование в престижных медресе Бухары, нередко давали сыновьям имена Бухар, Бухор, Бухарай — в честь города, давшего им знания. Само название города восходит к древнесанскритскому «вихара» (буддийский монастырь, храм). Если фамилия образована от такого имени, то ее форма — Бухора — это родительный падеж, который в славянской традиции означает «чей?» — «сын Бухора». Подобный способ словообразования особенно характерен для украинской ономастики, поэтому можно предполагать, что фамилия закрепилась под украинским влиянием.

Однако есть и другая, чисто славянская версия. В русских говорах слово «бухара» (а в «окающих» северных диалектах — «бухора») означало покосный участок в лесу. Прозвище Бухара мог получить владелец или работник на таком покосе. Но и это не всё: в тех же севернорусских говорах «бухарой» называли пчелу или шмеля. Соответственно, прозвище могло закрепиться за трудолюбивым человеком либо за острым на язык, «жалящим» словом острословом.

Таким образом, перед нами случай, когда одна и та же звуковая форма могла возникнуть в разных средах — в тюркско-татарской, на украинских землях и в русском Северном Приуралье. Какая из версий верна для конкретной семьи — без генеалогических изысканий сказать трудно, но обе имеют под собой лингвистическую почву.