Фамилия Буконин — наглядный пример того, как за привычным окончанием -ин может скрываться неочевидная основа. В русском языке суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я (Петров — Петин, козёл — Козлов, но лиса — Лисин). Здесь же основа «Букон-» не женского рода и не оканчивается на гласную, что указывает на более сложное происхождение.

Скорее всего, в основе лежит не имя или прозвище Буконя, а слово «букон» или «бука». В диалектах русского языка «букой» называли угрюмого, нелюдимого человека, домового или даже медведя. Форма «Букон» могла возникнуть как вариант «букан» — так в некоторых областях (например, на Урале и в Сибири) именовали медведя, избегая прямого названия. Соответственно, Буконин — потомок человека по прозвищу Букон, то есть «медвежий» или «нелюдимый». Суффикс -ин в этом случае выполняет ту же роль, что и -ов: он присоединился к основе на твёрдый согласный, что грамматически допустимо, хотя и реже встречается.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским или белорусским словом «букон» — вид растения (болиголов) или диалектным «буконить» (ворчать, бормотать). Если предок был травником или обладал ворчливым нравом, прозвище могло закрепиться именно в такой форме. Однако географическая привязка фамилии Буконин скорее северно-русская или волжская: в переписных книгах XVII–XVIII веков носители фамилии встречаются в Вятской, Костромской и Нижегородской губерниях — регионах, где «бука» и «букон» в значении «медведь» были распространены.

Фамилия редкая. В отличие от массовых Буковых или Букаревых, Буконины не получили широкого распространения, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища, данного конкретному человеку в небольшой общине. В современной России фамилия встречается единично, преимущественно в центральных и северных областях.