Фамилия Баконин происходит от прозвища Баконя, и её значение не сводится к одному-единственному источнику. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын или потомок Бакони». А вот с основой — прозвищем — возможны варианты.

Самая прямая версия связывает Баконю с «баканом» — ярко-красной краской, которую в старину добывали из кошенили или марены. Отсюда два пути: прозвище могло быть профессиональным (человек варил или торговал краской) либо описательным (так могли прозвать человека с ярко-рыжими волосами — цветом под бакан). Вторая версия ведёт к слову «бак»: если предок был моряком (бак — носовая часть палубы) или бондарем, делавшим деревянные баки для жидкостей. Третий вариант — диалектный, тульский и рязанский: «бака» означала краснобая, говоруна, любителя рассказывать. Такая многозначность — не редкость для прозвищ, которые давались по делу, внешности или характеру.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, но не образует плотных гнёзд. Сословный состав носителей не сужается до одной группы: Баконины могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами — прозвище не несло социальной окраски.

Из современных носителей известна Марианна Станиславовна Баконина — тележурналистка, телеведущая информационных программ «Пятого канала». Она также пишет детективы: «Сочи — Базель», «Нет — это всегда относительно», «Сугубо частное расследование», «Апокрифический клад», «Фанатика вызывали?». Член Союза журналистов Санкт-Петербурга и клуба писателей.