Фамилия Баконина происходит от личного имени или прозвища Баконя. В основе лежит просторечная форма канонического имени Аввакум, которое в переводе с древнееврейского означает «обнимающий». Цепочка преобразований выглядит так: Аввакум — Абакум — Бакум (Бакун) — Бакуня — Баконя. Такое «укорачивание» и переосмысление церковных имён в быту — обычное дело для русской народной традиции.

Однако существует и вторая версия, не менее интересная. Слово «баконя» могли связать с глаголом «бакунить» — говорить, разговаривать, а также с существительным «бака» — краснобай, говорун. В таком случае прозвище Баконя указывало на общительного, словоохотливого человека. Эта версия опирается на живую разговорную лексику, а не на книжное имя.

Какая из них верна для конкретной семьи — сказать сложно. Оба пути возможны, и оба вели к одному результату: фамилия, закрепившаяся за потомками человека по имени или прозвищу Баконя. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — баконин, то есть сын, внук или человек из рода Бакони.

Сама фамилия — довольно редкая. Она встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её связь с диалектным словом «бакунить», активно бытовавшим именно в этих регионах. В официальных документах XVIII–XIX веков подобные фамилии на -ин чаще всего закреплялись за крестьянами и мещанами, хотя точных сословных данных по Бакониным нет.