Фамилия Баконина образована от имени Баконя, которое, скорее всего, представляет собой просторечную форму имени Аввакум. В переводе с древнееврейского это имя означает «обнимающий». Форма Баконя могла возникнуть в результате ряда модификаций имени Аввакум: Аввакум — Абакум — Бакум (Бакун) — Бакуня — Баконя. По другой версии фамилия Баконина образована от прозвища Баконя, которое является родственным глаголу «бакунить», что значит «говорить,разговаривать», и существительному «бака» - «краснобай, говорун, рассказчик». Очевидно, это прозвище указывает на разговорчивость предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем или прозвищем Баконя, со временем получил фамилию Баконина.