Фамилия Балонина образована от прозвища Балона. Его основа — белорусское слово «балона», у которого два основных значения: «стекло в раме окна» и «поляна». Первый вариант указывает на ремесло: Балоной могли прозвать стекольщика. Второй — на место жительства: человека, чей дом стоял на поляне или рядом с ней. Какая из версий точнее, сказать трудно: обе правдоподобны и могли существовать параллельно в разных регионах.

Суффикс -ин в фамилии Балонина указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Балóны». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа Балон- (с ударением, скорее всего, на второй слог) дала форму женского рода Балонина, которая закрепилась за потомками по мужской линии как наследственная.

Слово «балона» в значении «оконное стекло» — диалектное, бытовавшее в западных говорах. Это делает фамилию географически привязанной: её корни, вероятно, на территории современной Беларуси или в прилегающих областях России. Стекольное ремесло в этих краях было распространённым, но не массовым, поэтому фамилия могла остаться редкой.

Второе значение — «поляна» — тоже диалектное, встречается в тех же говорах. Прозвище по месту жительства — один из древнейших типов русских и белорусских фамилий. Если предок Балониных поселился на расчищенном от леса участке, его могли назвать Балоной, а его детей — Балониными.

Фамилия Балонина встречается нечасто. В открытых источниках нет данных о её сословной принадлежности или массовом распространении в дворянской среде. Скорее всего, она крестьянского или мещанского происхождения, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ по ремеслу или месту.