Фамилия Бабонина хранит в себе несколько возможных историй происхождения, и ни одну из них нельзя отбросить без разбора. В основе фамилии лежит прозвище Бабоня, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бабонин, то есть сын или потомок Бабони.

Первая версия отсылает к старинному русскому глаголу «бобонити» — шуметь, болтать, говорить без умолку. Если это так, то прозвище Бабоня получал человек разговорчивый, шумный, возможно, балагур или спорщик. Вторая версия — ласковая: Бабоней могли называть любимца бабушки, внука или воспитанника, которого бабушка особенно опекала. В этом случае прозвище несло тепло и указывало на близкую семейную связь.

Есть и третья, менее очевидная линия. В нижегородских говорах бытовало слово «бабан» — любитель женщин, волокита. Прозвище Бабоня могло возникнуть как его производное и закрепиться за человеком, который любил ухаживать за женщинами. Такие прозвища в старину легко вытесняли крестильные имена и попадали даже в официальные документы, поэтому неудивительно, что Бабоня со временем стал Бабониным.

Фамилия встречается в основном в центральной России, но точную географию её распространения проследить сложно — она не относится к числу массовых. Что можно сказать наверняка: предки современных Бабониных жили в среде, где прозвища были живыми и меткими, а фамилия закрепилась за родом без изменений, сохранив память о том, каким видели своего первого носителя окружающие.