Фамилия Букуев восходит к имени Букуй (встречается также вариант Букай), которое распространено в тюрко-татарской среде. На древнетюркском это имя означало «богатырь», «герой». Имя давали мальчикам с пожеланием вырасти храбрым воином, защитником семьи и рода. Именно эта версия — от личного имени — считается основной и наиболее правдоподобной.

Менее убедительна гипотеза, связывающая фамилию с названием города Букуй (современный Цицикар в Китае). Этот город основали монголы в XIV веке, а в XVII столетии он был важным военным и транспортным пунктом Маньчжурии, а также местом ссылки. Но для фамилии такая топонимическая версия выглядит натянутой: чтобы житель русских земель получил прозвище по далекому маньчжурскому городу, нужны особые обстоятельства, которые ничем не подтверждены.

Ещё менее вероятна связь фамилии Букуев с русским словом «бука» — так называли угрюмого, нелюдимого человека. Фонетически имя Букуй и прозвище Бука близки, но по сути это разные основы: тюркская и славянская. К тому же модель образования фамилии (суффикс -ев) указывает на восточное происхождение основы: в русских фамилиях от прозвища Бука ожидалось бы написание Букин или Буков.

Сама фамилия Букуевы — типичный пример фамилий на -ев, которые в русском языке образовывали от основ, оканчивающихся на -й или мягкий согласный. Форма Букуев буквально означает «сын Букуя» или «потомок Букуя». Такие фамилии фиксировались в среде служилых людей, в том числе выходцев из Орды, которые поступали на русскую службу в XV–XVII веках. Многие нерусские по происхождению дворянские роды сохраняли в основе фамилии тюркское имя родоначальника, и фамилия Букуев — один из таких памятников восточной письменности и культуры, закрепившийся в русской ономастике.