Фамилия Булсунаев — яркий пример того, как географическое происхождение рода может быть зашифровано в самом звучании фамилии. Её основа, «булсун», с высокой вероятностью восходит к бурятскому или монгольскому слову «булса» или «булсан», что означает «родник», «ключ», «источник». Суффикс -аев — типичный для тюрко-монгольской ономастики патронимический показатель, который в русской передаче закрепился как аналог русского -ов/-ев. Таким образом, Булсунаев — это буквально «сын человека с родника» или «происходящий от того, кто жил у источника».

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что в основе лежит не личное имя, а топографический объект. В бурятской традиции было распространено давать прозвища по месту жительства: если семья обосновалась возле ключа или ручья, старшего в роду могли называть Булсун — «Родниковый». Потомки, переходя на русскую фамильную систему, оформляли это прозвище в фамилию. В пользу этой версии говорит и то, что в бурятском языке слово «булса» входит в состав многих географических названий (например, урочище Булсун в Забайкалье).

Менее распространённая, но допустимая гипотеза связывает корень с личным именем Булсун, которое могло быть образовано от глагольной основы со значением «становиться полным, наливаться» — в переносном смысле «здоровяк», «крепкий». Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее, поскольку фамилия имеет чёткую региональную привязку: она бытует преимущественно среди бурят и некоторых групп монгольских народов, для которых называние по природным объектам — один из древних способов идентификации.

Фамилия Булсунаев не входила в число дворянских родов Российской империи и не фиксируется в дореволюционных родословных книгах — это говорит о её позднем оформлении, уже в XIX–XX веках, когда бурятские роды массово получали русские фамилии через прибавление суффикса к родовому прозвищу. Встречаются варианты написания с одной «н» (Булсуаев) или с ударением на последний слог, но основной вариант сохраняет двойную «н», что сближает фамилию с исходным бурятским произношением.