Фамилия Бумбулис звучит нехарактерно для русской ономастики, и это ключ к её разгадке. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий с суффиксами -ов, -ев, -ин или -ский. Её окончание -ис указывает на греческое происхождение: это одна из самых распространённых фамилий в Греции, особенно на островах и в регионе Пелопоннес. Носитель фамилии Бумбулис — почти наверняка потомок греков, которые могли оказаться в Российской империи в разное время: либо как торговцы и моряки, либо как переселенцы после русско-турецких войн, когда греки селились в южных портах (Одесса, Таганрог, Мариуполь).

Основа фамилии восходит к греческому слову «бумбули» (βούμπουλη) — так на некоторых диалектах называют вид совы или сыча. Скорее всего, прозвище Бумбулис дали человеку с круглыми глазами, ночным образом жизни или характерным взглядом. В греческой ономастике такие «птичьи» фамилии встречаются часто, и они не несли уничижительного оттенка, а скорее описывали внешность или повадки. Менее вероятная версия связывает фамилию с итальянским «bomboletta» (маленький пузырь) или с турецким влиянием, но греческий корень здесь основной.

В России фамилия остаётся редкой. Она не попала в массовые списки крестьянских или дворянских родов, потому что греческие фамилии в XIX веке обычно русифицировали, меняя окончание на -ов (Бумбулисов). Если человек носит именно форму Бумбулис, это говорит о том, что семья сохранила исходное написание, возможно, благодаря компактному проживанию в греческой диаспоре или поздней миграции. С точки зрения словообразования, это чистая основа без суффиксов — фамилия-прозвище, застывшая в именительном падеже, что для славянских языков нетипично, а для греческого — норма.