Фамилия Бубулис — редкий пример, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот значение основы — нет. Скорее всего, перед нами фамилия греческого или балканского корня. Суффикс -ис (или -ис) типичен для новогреческой модели образования фамилий: так в Греции оформляли прозвища и именования по отцу. В русском контексте фамилия Бубулис могла появиться у греков, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, или у потомков греческих купцов и моряков из Причерноморья.

Основа «бубул» — спорная. Первая и самая вероятная версия отсылает к греческому «μπουμπούλι» (bubuli) — «пузырь» или «волдырь». В переносном смысле так могли прозвать человека с круглым лицом, невысокого и плотного, или, наоборот, вспыльчивого, «надутого». Вторая версия связывает фамилию с диалектным «μπούμπουλας» — так в некоторых регионах Греции называли шмеля или крупную осу. Прозвище могли дать за трудолюбие, назойливость или громкий голос. Оба варианта укладываются в логику прозвищных фамилий, популярных в греческой среде.

В русском языке фамилия Бубулис остаётся крайне редкой. Её носители, если они не имеют прямого отношения к Греции, могли получить её через браки или при смене фамилии в советское время. Интересно, что в греческой ономастике есть фамилия Бубулис и её вариант Бубулис (с ударением на последний слог), но в русской записи ударение часто смещается на первый слог — Бýбулис, под влиянием привычных моделей.

Таким образом, Бубулис — это «греческий след» в русском фамильном списке, прозвищная фамилия, скорее всего, описывавшая внешность или характер первого носителя. Точное значение без семейных преданий восстановить сложно, но обе основные версии говорят о чём-то круглом, гудящем или надутом.