Фамилия Бобулис звучит для русского уха необычно, и это подсказка: перед нами не исконно русская фамилия, а фамилия, пришедшая из другого языка. Её происхождение, скорее всего, связано с балтийскими или славянскими народами, где суффикс -ис типичен для литовских фамилий. В Литве и Латвии фамилии на -ис, -ус, -ас — одна из самых распространённых моделей, указывающая на мужской род. Таким образом, Бобулис — это литовская (или, реже, латышская) фамилия.

Основа «Бобул-» восходит к слову «bobulas» или «bobulis». В литовском языке «boba» — это «баба», «старуха», а уменьшительно-ласкательный суффикс -ul- превращает слово в «bobulis» — «бабушка», «старушка» или, в переносном смысле, «нечто, связанное с бабкой». Прозвище Бобулис могли дать человеку, который жил с бабушкой, был похож на неё характером или внешностью, либо так называли ребёнка, которого воспитывала бабка. Второй вариант: корень может быть связан с литовским «bobulas» — «клубок», «моток», и тогда прозвище относилось к круглому, плотному человеку.

В русском контексте фамилия Бобулис могла появиться у потомков литовцев, переселившихся в Российскую империю в XIX–XX веках, или у людей из балтийских губерний. Не стоит путать её с фамилией Бобулин, которая имеет русский суффикс -ин и образована от прозвища Бобуля (от «боб»). Бобулис сохранила нерусскую модель окончания, что делает её редкой и локальной. Встречается она преимущественно в западных регионах России, а также в Литве и Латвии.

Словообразовательный разбор прост: корень «бобул-» + фамильный суффикс -ис. Никакой морфологической сложности нет — это типичная модель для литовских фамилий, где окончание указывает на принадлежность к роду, а не на сословие или профессию. Сословная история фамилии не прослеживается: литовские крестьяне и мещане получали такие фамилии массово в XIX веке, так что Бобулис мог быть и пахарем, и ремесленником. Дворянской ветви с такой фамилией не зафиксировано.

Если искать параллели, то однокоренные литовские фамилии — Бобулис, Бобулайтис, Бобулявичюс. Все они восходят к тому же корню «boba». В русском языке аналогом может быть фамилия Бабулин, но с иной суффиксацией. Так что фамилия Бобулис — это компактный маркер балтийского происхождения, который говорит о прозвище, данном по родственной связи или внешней черте, и о том, что предки, скорее всего, жили на территории современной Литвы.