Фамилия Бобул — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа. В русских фамилиях суффикс -ул встречается нечасто, и почти всегда это признак не великорусского, а украинского, белорусского или молдавского происхождения. В украинском языке суффикс -ул (-юл) характерен для фамилий, образованных от прозвищ: Бобул — скорее всего, вариант прозвища Боб, Бобер. Человек мог получить такое прозвище за внешность (полнота, округлость, густые усы или борода), за манеру поведения (суетливый, хлопотливый, как бобр) или за род занятий — например, за выделку бобрового меха. В белорусском языке слово «бобул» фиксируется в диалектах как название водяной крысы или небольшого грызуна — прозвище могли дать ловкому, юркому или невысокому человеку.

Вторая версия уводит на юг, в Молдову и Румынию. Там фамилия Бобул (Bobul) встречается среди гагаузов и молдаван, и её основа — тюркское слово «боб» (боб, зерно) или румынское «bob» (зерно, семечко, также мелкая монета). В этом случае прозвище могло относиться к торговцу зерном или к человеку, который собирал мелкие долги. Учитывая, что в русских документах фамилия Бобул встречается в основном в Бессарабии, на Одесщине и в Приднестровье, южная версия выглядит не менее правдоподобной, чем славянская.

Форма фамилии — без суффикса -ов/-ев, что типично для украинских и молдавских фамилий. Если бы предок был из центральной России, фамилия звучала бы как Бобулов. Сохранение исходной основы «Бобул» указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где патронимический суффикс не добавляли (западные и южные земли Российской империи). Встречается также написание Бобуль — с мягким знаком на конце, что может быть результатом полонизации или белорусского влияния.

Таким образом, носитель фамилии Бобул с высокой вероятностью происходит из украинского, белорусского или молдавского крестьянства. Предок мог быть невысоким, полноватым, ловким человеком, либо иметь отношение к бобровому промыслу, либо торговать зерном. Точную версию можно уточнить только по региону проживания предков — если семья из-под Одессы или из Молдовы, версия с зерном и монетой весомее; если из Полесья или Черниговщины — версия с бобром или грызуном.