Фамилия Буныгина — женская форма фамилии Буныгин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Буныга. В русских говорах слово «буныга» имело несколько значений, и все они связаны с бытом и характером человека. В первую очередь, так называли упрямого, несговорчивого человека, «буку» — того, кто ходит насупившись. В других диалектах «буныга» — это вялый, медлительный работник, а также неряха или замарашка. Таким образом, фамилия образована от прозвища, которое давали по поведению или внешнему виду.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень «бун-» (ср. «бунить» — гудеть, мычать, а также браниться, ворчать) + суффикс «-ыг-» (как в словах «козыга», «худыга») + фамильный суффикс «-ин». Суффикс «-ин» в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Буныгин, то есть сын Буныги.

География фамилии неширокая, но устойчивая. По данным исторических источников, фамилия Буныгин встречается в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской и Костромской областях. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с этим прозвищем. Это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде свободного крестьянства и посадского населения, а не в дворянской среде.

В отличие от более распространённых фамилий на «-ов/-ев», модель на «-ин» чаще встречается именно в северных и северо-восточных регионах Руси. Поэтому Буныгина — фамилия с чёткой региональной привязкой и прозрачной, хотя и не самой лестной, семантикой: предок носителя, скорее всего, отличался упрямством или нерасторопностью, за что и получил своё прозвище.