Фамилия Бурксер — один из тех случаев, когда в основе лежит не славянский корень, а немецкое слово. Исходное прозвище Буркс, скорее всего, восходит к немецкому Birche — «берёза». Так могли прозвать человека, жившего у берёзовой рощи или на месте, где когда-то росла берёза. Возможна и другая версия: фамилия образована от одного из немецких топонимов, например, Бирх (Birch) — названия населённых пунктов, произошедшего от того же слова. В обоих случаях фамилия указывает на место жительства предка, то есть относится к категории «топонимических» или «локативных» фамилий.

Интересно, что подобные фамилии — не редкость в среде евреев-ашкеназов, которые часто получали немецкоязычные фамилии в конце XVIII — начале XIX века. Среди них встречались и более причудливые примеры: Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево») или Квечман («высказываться неохотно»). На этом фоне фамилия Бурксер выглядит вполне «прозрачной» и даже более естественной — она просто привязывала человека к берёзовому месту.

С точки зрения словообразования, суффикс -ер типичен для немецких фамилий, образованных от названий деревьев и мест: он указывает на принадлежность или происхождение (буквально «тот, кто с берёзы»). Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одной из областей расселения ашкеназов — от Германии до Восточной Европы.