Фамилия Бусеева — женская форма фамилии Бусеев, и её происхождение упирается в прозвище или имя Бусей. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Бус, которое фиксируется в исторических источниках. Например, в новгородских берестяных грамотах XII–XIII веков встречается посадник Бус, что указывает на реальное бытование этого имени. Само имя Бус могло означать «серый, дымчатый» (от древнерусского «бусый» — серый, пепельный) или быть связанным с цветом волос — «седой, белёсый». В некоторых говорах «бусый» означало ещё и «хмурый, угрюмый», так что прозвище могло отражать характер.

Суффикс -еев типичен для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -ей. Бусеев — это буквально «сын Бусея», где Бусей — уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от имени Бус. Такая модель словообразования (основа + -ей + -ев) встречается в фамилиях вроде Андреев, Матвеев, но с более редкой основой. Фамилия нечастая, и её география может указать на происхождение: Бусеевы исторически чаще фиксировались в северных и центральных регионах России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где имя Бус было в ходу.

Версия о тюркских корнях (от «бус» — пар, туман) менее вероятна, так как фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов и не встречается в среде народов Поволжья. Скорее всего, предки Бусеевых были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по отцу — Бусею, а тот, в свою очередь, носил прозвище по внешности или поведению. В современных справочниках фамилия не имеет массовых известных носителей, что только подчёркивает её локальный, семейный характер.