Фамилия Бусенина — женская форма, а в основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Бусеня. Чтобы понять его происхождение, нужно заглянуть сразу в несколько диалектных пластов. Самая прямая версия связывает Бусеню с диалектным словом «буса» — так в псковских, тверских и новгородских говорах называли густой туман, мокрый снег с дождём или морось. Прозвище Бусеня мог получить либо ребёнок, родившийся в такую непогоду, либо угрюмый, пасмурный человек. В том же ряду стоят фамилии Бусов, Буслаев и однокоренная Бусыгин — все они восходят к той же «бусе» и означали что-то хмурое, сырое, тяжёлое.

Но есть и другой поворот. В некоторых говорах «бусеня» — это название мелкой рыбы, вроде уклейки или снетка. Тогда прозвище могло закрепиться за невысоким, худощавым человеком или за рыбаком, промышлявшим такой рыбой. Третья, менее очевидная версия — от глагола «бусить» (обманывать, хитрить, пускать пыль в глаза). В этом случае Бусеней называли льстеца или плута.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бусенин означает «сын Бусени» или «из семьи Бусени». В старых актах, например в новгородских писцовых книгах XV–XVI веков, встречаются крестьяне с прозвищем Бусеня — это говорит о древности и сугубо крестьянском, непривилегированном происхождении фамилии. Дворянских родов Бусениных в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не зафиксировано.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России — Псковской, Новгородской, Тверской областям, отчасти Вологодчине. Это как раз ареал, где слово «буса» в значении «туман» было в ходу. Встречается также написание Бусенина с одной «н», но оно менее распространено. Сейчас носители фамилии живут по всей России, но чаще всего — в городах, куда в XX веке мигрировали крестьяне из тех краёв: в Санкт-Петербурге, Москве и Ленинградской области.