Фамилия Бусиков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет очевидной связи с ремеслом или внешностью. Самая вероятная версия отсылает к слову «бусик» — так в ряде русских говоров, особенно на юге и западе, называли небольшую бусину, бусу, а иногда и просто мелкое украшение. Прозвище Бусик могли дать человеку щеголеватому, любящему наряды, или, напротив, маленькому и юркому — по аналогии с крошечным предметом. Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Бусиков — сын Бусика.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным словом «буса» — так в архангельских и вологодских землях называли парусное судно для перевозки грузов. В этом случае Бусик мог быть прозвищем лодочника или владельца небольшой бусы, а Бусиков — его потомком. Однако эта гипотеза слабее: от «буса» скорее образовали бы Бусин или Бусов, а не Бусиков.

В отличие от многих фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Бусиков стоит особняком — его корень чисто прозвищный, без церковного источника. В дореволюционных переписях фамилия встречается эпизодически, преимущественно в центральных и южных губерниях, но не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что носители не были массовым сословием — скорее, отдельные крестьянские или мещанские роды.

Фамилия не имеет отношения к «бусому» (серому) — это другая основа, от которой пошли Бусовы и Буслаевы. Бусиков же остаётся компактной, почти игрушечной фамилией, в которой слышится и уменьшительность, и намёк на характер предка.