Фамилия Бужилова — женская форма от Бужилов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В центре внимания здесь суффикс -ов, указывающий на принадлежность: Бужилов буквально значит «сын Бужила» или «человек из рода Бужила». Основа — прозвище или некалендарное имя Бужило, которое образовано от глагола «будить» с помощью характерного для древнерусских имён суффикса -ило (сравните: Губило, Косил о, Душило). Такие имена часто давали по характеру или поведению: Бужило — тот, кто будит, беспокойный, не дающий спать, возможно, крикливый или деятельный человек.

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным словом «бужа» — так в некоторых говорах называли шум, гам, суету, или с топонимом Бужа (река во Владимирской области). Однако в фамилиях на -илов, -ило обычно просвечивает именно личное прозвище, а не географическое название.

С точки зрения социальной истории, фамилия Бужилов (и Бужилова) относится к числу довольно ранних крестьянских и посадских фамилий. Суффикс -ило в прозвищах был особенно распространён в северных и центральных русских землях — Новгородской, Вологодской, Костромской губерниях. Поэтому, скорее всего, предки Бужиловых жили именно там. Встречается фамилия и в старых писцовых книгах, что говорит о её глубине: это не позднее искусственное образование, а живое прозвище, закрепившееся за родом.

Однокоренные фамилии — Будилов, Будилкин, Буженин, — но Бужилов стоит особняком из-за редкого чередования д/ж (будить — бужу). Это чередование общеславянское и как раз подтверждает исходный глагол, а не случайное совпадение. Так что если вы Бужилова, ваш предок, по всей видимости, был человеком заметным и неспокойным — либо по должности (сторож, будящий на заре), либо по нраву.