Фамилия Бужилов — один из тех случаев, когда прозвище или имя предка оказалось прочно привязано к месту. Скорее всего, в её основе лежит не личное имя, а топоним — название населённого пункта. На карте России и соседних славянских земель встречаются селения с корнем «Бужил-» или «Бужел-»: например, деревня Бужилово в бывшей Тверской губернии или Бужилов на Украине (в Винницкой области). Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Бужил, а его потомки становились Бужиловыми. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ов присоединялся к основе, отвечая на вопрос «чей?» — то есть сын Бужила.

Менее распространённая, но возможная версия выводит фамилию из прозвища Бужила. В русских говорах слово «бужа» или «бужила» могло означать человека шумного, беспокойного, склонного к ссорам (от глагола «бузить» — шуметь, скандалить). Однако в этом случае стоит заметить, что прозвище с таким значением обычно фиксируется в формах Буза, Бузин, Бузов, а форма Бужила — скорее исключение, чем правило. Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее: она объясняет и наличие суффикса -ил- (как в названиях сел), и относительную редкость фамилии.

В дореволюционных списках фамилия Бужилов встречается в основном в центральных и северо-западных губерниях — Тверской, Новгородской, Псковской. Это косвенно подтверждает привязку к тверскому Бужилову. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде земледельцев и ремесленников. В советское время носители фамилии разошлись по стране, но до сих пор наибольшая концентрация Бужиловых сохраняется в Тверской области.

Что касается ударения, то в фамилии оно падает на второй слог — Бужи́лов. Вариант с ударением на первый слог встречается реже и, вероятно, является местным диалектным искажением.