Фамилия Бышаева — женская форма фамилии Бышаев, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или личным именем, которое в основе лежало на северных и уральских говорах. Главная загадка здесь — корень «быш-». В русских диалектах (особенно в архангельских, вятских, пермских) слово «быш» или «быша» могло означать «бык», «бугай» или, в переносном смысле, «упрямый, сильный человек». Не исключено, что прозвище Бышай дали человеку с бычьим нравом, крупному или несговорчивому.

Однако есть и другая, более редкая версия, которая уводит нас в тюркские языки. В башкирском, татарском, казахском «быш» (или «быш») может означать «зрелый», «спелый», «готовый». В таком случае прозвище Бышай могло принадлежать человеку зрелому, опытному, умудрённому годами. Учитывая, что фамилия Бышаева встречается в основном в Поволжье и на Урале (особенно в Оренбургской области, Башкортостане), тюркский след выглядит вполне правдоподобно.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ев (в женском варианте -ева) образует притяжательную форму от имени или прозвища на -ай. Бышай + -ев = Бышаев. То есть буквально «сын Бышая» или «из рода Бышая». Фамилия не дворянская и не княжеская — она относится к типичным крестьянским или мещанским фамилиям, которые закрепились в XIX веке после отмены крепостного права.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бышаев стоит в одном ряду с Бычковым (от «бык») или Бышковым (редкий вариант), но в отличие от них сохранил диалектную или иноязычную основу. Это делает фамилию Бышаева локально привязанной: её носители, скорее всего, происходят из смешанной русско-тюркской среды южного Урала или Заволжья.