Фамилия Бжекшиева — редкий случай, когда географический акцент слышен прямо в написании. Она образована от мужской формы Бжекшиев, а та, в свою очередь, — от прозвища или имени Бжекши. Корень здесь — тюркский «бжек» (в разных диалектах — «бжык», «бжек»), который восходит к слову со значением «маленький», «мелкий», «крошечный». В тюркских языках, особенно в кумыкском и ногайском, такие основы часто давали ласкательные или уменьшительные имена: Бжекши — это буквально «маленький», «кроха». Суффикс -ши (-чи) — типичный тюркский аффикс, образующий имена деятеля или обладателя признака, но в личных именах он скорее придаёт оттенок ласкательности, как русское -к- в «Ванька».

Словообразовательная модель фамилии — тюркская основа + русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Сначала появилось отчество Бжекшиев («сын Бжекши»), которое затем закрепилось как фамилия. Окончание -а указывает на женскую форму, что типично для русской грамматической традиции: так фиксировали фамилии замужних женщин и вдов.

Фамилия почти наверняка имеет северокавказское происхождение, скорее всего дагестанское или чеченское. Точнее — кумыкское или ногайское: именно в этих языках имя Бжекши (Бжекчи) встречается как реальное личное имя или прозвище, хоть и редкое. В русских метрических книгах XIX века фамилия могла записываться по-разному: Бжекшиев, Бжекчиев, а женский вариант — Бжекшиева, Бжекчиева. Путаница с «ч» и «ш» объясняется разницей в произношении: в некоторых говорах звук ближе к «ч», в других — к «ш».

Родственные фамилии — Бжеков, Бжекчиев, Бжикшиев. Все они восходят к тому же корню и различаются только суффиксальным оформлением. Носители фамилии Бжекшиева — это потомки людей, которых в детстве или по какому-то признаку называли «маленьким», «мелким». Прозвище могло закрепиться за невысоким человеком, за младшим сыном в семье или просто как ласковое домашнее имя.