Фамилия Бекшиев — редкий случай, когда тюркское имя сохранилось в русской фамилии почти без изменений, лишь с типичным русским суффиксом принадлежности. Основа здесь — личное имя Бекши, которое в тюркских языках (особенно в карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) означает «князёк», «мелкий владетель» или просто «господин». Это уменьшительная форма от «бек» (князь, правитель) с ласкательным аффиксом -ши. То есть Бекши — не грозный властитель, а скорее младший или уважаемый человек княжеского рода, вроде «княжича» или «господинчика» в хорошем смысле.

Фамилия образована по русской модели: к основе Бекши прибавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бекши́ев. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде тюркоязычных народов, вошедших в состав Российской империи: крещёных татар, башкир, ногайцев, кумыков. Фамилия могла закрепиться за потомками человека по имени Бекши, которого в документах записали по отчеству — «Бекшиев сын», а затем это стало родовым именем.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью. Чаще всего Бекшиевы встречаются среди кумыков и карачаевцев, реже — у кабардинцев и балкарцев. В русских губерниях фамилия почти не известна, что указывает на её позднее оформление (XVIII–XIX века), когда местная знать и простые горцы получали фамилии по имени отца при переписях и призыве на службу.

В ономастике нет единого мнения, считать ли Бекшиева «русской» фамилией. По форме — да, по происхождению — это типичная фамилия-отчество от тюркского имени. Сравните с однокоренными: Беков, Бекмурзаев, Бексултанов. Бекшиев стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -ши, который в русских фамилиях почти не встречается. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, были не рядовыми крестьянами, а людьми, связанными с местной знатью или военным сословием — хотя бы по имени.