Фамилия Бекишиев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка говорит больше, чем разбор корня. Она с высокой вероятностью указывает на тюркское происхождение, а точнее — на кумыкские или ногайские корни. В Дагестане и на Северном Кавказе фамилии с окончанием на -ев, образованные от основ на твёрдый согласный, — обычное дело, но в сочетании с корнем «Бекиш» они встречаются нечасто.

Основа «Бекиш» — это, скорее всего, личное имя или прозвище. В тюркских языках существует имя Бекеш, которое восходит к титулу «бек» (господин, князь) с уменьшительным суффиксам -иш. То есть Бекеш — это «маленький бек» или «сын бека». Форма Бекиш — фонетический вариант того же имени, где гласный «е» под влиянием местного произношения перешёл в «и». Фамилия Бекишиев, таким образом, означает «потомок Бекиша» и образована по стандартной русской патронимической модели (суффикс -ев, указывающий на принадлежность).

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с арабским именем Баки (вечный) через тюркское посредничество. Однако для этого пришлось бы допустить цепочку фонетических изменений, которые не подтверждаются типовыми записями в метриках. Первая версия — с именем Бекеш/Бекиш — проще и надёжнее.

В дореволюционных источниках фамилия практически не встречается за пределами Терской области и Дагестанской области. Это значит, что предки Бекишиевых были, скорее всего, узденями (свободными крестьянами) или военными из горских народов, которые получали фамилию по имени отца при переписях или приписке к казачьему сословию. Сословная принадлежность колебалась от рядовых общинников до старшин, но массового дворянства среди Бекишиевых не зафиксировано.

Суффикс -ев, а не -ов, в фамилии Бекишиев тоже о многом говорит. В тюркских заимствованиях -ев обычно пишут после мягких и шипящих согласных, но здесь он закрепился из-за того, что основа «Бекиш» оканчивается на шипящий «ш». Это стандартная орфографическая норма XIX века, которая не меняет смысла, но подтверждает, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской среде, а не в арабице.